La isomaltasa es una enzima que convierte la isomaltosa en las dos glucosas de las que está compuesta. Está presente en intestino delgado, en el borde de cepillo de las vellosidades intestinales. La ausencia de isomaltasa provoca una enfermedad denominada intolerancia a la isomaltasa, de difícil diagnóstico, muchas veces relacionada con la intolerancia a la sacarosa.
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