La Gambrinus liga 1998/99 fue la sexta edición de la Gambrinus liga, la máxima categoría del fútbol profesional de la República Checa. El torneo se comenzó a disputar el día 2 de agosto de 1998 y finalizó el 30 de mayo de 1999. El AC Sparta Praga se adjudicó el campeonato por quinta vez en su historia, la tercera de manera consecutiva.