Al menos unas 75.000 personas perdieron la vida en la guerra civil que sufrió El Salvador entre 1979 y 1992. Se estima que hasta un 80% de las víctimas eran civiles. Muchos de ellos fueron asesinados en hechos que han pasado a considerarse como "crímenes de guerra" y fueron investigados en el informe de la Comisión de la Verdad de 1993. En los apartados siguientes se detallan los casos más significativos por sus implicaciones políticas.