La teoría autógena postula que en el proceso del origen de la célula eucariota, los orgánulos rodeados por membrana pudieron surgir a partir de invaginaciones de la membrana plasmática que tomaron funciones independientes. De acuerdo con esta teoría la membrana nuclear, el retículo endoplásmico, el aparato de Golgi y los orgánulos rodeados por membranas sencillas evolucionaron de este modo. Estos orgánulos se conocen a veces como el sistema de endomembranas.
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