El Templo de San Francisco fungió como la Catedral de Querétaro. Contó con importantes y hermosos retablos barrocos chapados en oro que adornaban los interiores. En él se conservan importantes piezas artísticas, entre ellas un facistol barroco y la sillería del Coro alto obra del arquitecto celayense Don Francisco Eduardo Tresguerras del siglo XVIII y obras escultóricas de Mariano Montenegro y Mariano Arce.