São José das Missões es un municipio brasileño del estado de Rio Grande do Sul. Se encuentra ubicado a una latitud de 2746'48" Sur y una longitud de 5307'18" Oeste, estando a una altura de 509 metros sobre el nivel del mar. Su población estimada para el año 2004 era de 2.881 habitantes. Ocupa una superficie de 96,322 km.