Stumpffia pygmaea es una especie de rana de la familia Microhylidae. Habita en la isla de Madagascar y aparentemente esta restringida a dos pequeñas islas: Nosy Be y Nosy Komba al noreste de la costa de Madagascar. También puede habitar la tierra firme adyacente, pero no se ha encontrado en las inspecciones realizadas. Se ha reportado desde el nivel del mar hasta los 300 msnm. Su hábitat son los bosques bajos y húmedos tropicales y subtropicales, plantaciones, y bosques altamente degradados.
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