Similitud química (o similitud molecular) hace referencia a la semejanza de elementos, moléculas o compuestos químicos con respecto a cualquiera de sus |características estructurales o funcionales, es decir, se refiere a la semejanza de dos o más sustancias en relación al efecto que tengan sobre elementos reactivos, ya sea en un contexto orgánico, inorgánico, biológico o de otro tipo. La similitud química es uno de los conceptos más importantes en la quimioinformática.