La secuencia Shine-Dalgarno es una secuencia de ARN mensajero propia de los transcritos de procariotas. Se trata de una secuencia situada unos 6 o 7 nucleótidos antes del codón de inicio de la traducción, y regula la iniciación de ésta. Posee una secuencia consenso característica: AGGAGG, que es complementaria a una zona del 3' del ARN ribosomal 16S (denominada secuencia anti-Shine-Dalgarno y que posee por tanto la forma UCCUCC).
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