Sebastián de León y Zárate fue Gobernador de la Provincia del Paraguay entre 1649 a 1650. Fue enviado por la Audiencia de Charcas, restituyó los bienes jesuíticos y el Fray Bernardino de Cárdenas fue expulsado por tercera vez. Fue enjuiciado por su sucesor Andrés Garabito de León, quien lo suplantó en el cargo el 10 de octubre de 1650 y envió a León y Zárate a la prisión, en donde permaneció hasta fallecer hacia 1672.