La proteína RUNX3 es un factor de transcripción codificado en humanos por el gen runx3. RUNX3 pertenece a la familia de factores de transcripción relacionados con Runt (RUNX), también llamados factores de unión al core (CBFα). La proteína RUNX3 forma un complejo heterodimérico con CBFβ, con la capacidad de unirse a una secuencia de ADN de 6 pares de bases del tipo 5'-PyGPyGGT-3', la cual se encuentra en numerosos enhancers y promotores, y puede activar o reprimir la transcripción.
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