El Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc forma parte de la barrera arrecifal denominada Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental (también conocido como Gran Arrecife Maya) y pertenece al Sistema Arrecifal Mesoamericano, considerada como la segunda barrera arrecifal más grande del mundo. El parque marino está dividido en tres polígonos, cada uno se encuentra frente a las costas descritas en el mismo nombre del parque.