La pandemia de gripe A (H1N1), que se inició en 2009, entró en Estonia el 30 de mayo del mismo año. Éste fue el 24 país en reportar casos de gripe A en el continente europeo. El primer caso confirmado en laboratorio el 29 de mayo fue un hombre de 29 años que volvió de los Estados Unidos. El 3 de junio, dos nuevos casos fueron confirmados. El 7 de junio, el 4 caso fue confirmado en un paciente que también volvió de los Estados Unidos el 4 de junio.
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