El género Palaeospheniscus fue acuñado por François Moreno y Alcide Mercerat en 1891 para designar una serie de especímenes fósiles procedentes de la Patagonia argentina. La especie tipo del género corresponde a Palaeospheniscus patagonicus, cuyo holotipo consiste en un tarsometatarso aislado (MLP 20-34) que se encuentra depositado en el Museo de La Plata, Argentina y proceden de la Formación Gaiman.
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