Naegleria gruberi es una especie de ameba flagelada del género Naegleria perteneciente al filo Percolozoa. Es famosa por su habilidad para cambiar de la forma ameboide a la flagelada (con un elaborado citoesqueleto de microtúbulos), incluyendo flagelos. Esta "transformación" incluye la síntesis de nuevos centriolos. Fue caracterizada en 1899. y experimentalmente se ha determinado que no es patogénica, en contraste con otras especies de este género, por ejemplo, Naegleria fowleri.
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