La misión jesuita del Nahuel Huapi formó parte de los esfuerzos misioneros de la Compañía de Jesús con sede en la isla de Chiloé. En 1609 llegaron a Chiloé los primeros jesuitas, Melchor Venegas y Juan Bautista Ferrufino, quienes se establecieron en Chequián, en la isla de Quinchao.