El CLSM detecta en regiones enfocadas, fuera de enfoque las partes aparecen negras y azules. Por lo tanto la aplicación no es limitada a muestras delgadas. Por ejemplo muestras de alimentos de determinado grosor pueden ser analizados por el CLSM para obtener información estructural. Una vista precisa de los arreglos espaciales de las estructuras de los alimentos pueden ser obtenidas recogiendo información 3D de la muestra.
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