En química computacional, una matriz Z representa el conjunto de coordenadas internas que definen la posición de cada átomo dentro de una molécula. Se denominan coordenadas internas ya que la posición de cáda punto queda definida por su posición relativa respecto de un número mínimo del resto de los puntos presentes. Su nombre proviene del hecho de que automáticamente se asigna como el eje cartesiano Z al primer vector de distancia encontrado respecto del átomo central.
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