Margarita Farnesio fue hija de Alejandro Farnesio y María de Portugal . Margarita tenía el mismo nombre que su abuela paterna, Margarita de Parma, la hija ilegítima del emperador Carlos V. Casada el 2 de marzo de 1581, con Vicente I Gonzaga, futuro Duque de Mantua, hijo del duque Guillermo Gonzaga y de la archiduquesa austriaca Leonor de Habsburgo. Se casaron solemnemente en Mantua el 30 de abril de 1581 .