Makoto Kobayashi es un físico japonés conocido por su trabajo en el campo de la violación CP. Su artículo Violación CP en la teoría renormalizada de la interacción débil (1973) escrito junto a Toshihide Maskawa está entre los tres documentos de energía física mas citados. Como resultado de este trabajo, se diseñó la matriz Cabibbo-Kobayashi-Maskawa, que define los parámetros de mezcla entre quarks.
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