Era el mayor de los hermanos Niño. Maestre y dueño de la carabela la Niña en el primer viaje colombino. Al regreso acompañó a Colón hasta Barcelona tras permanecer varios días en su casa de Moguer. Formó parte de la tripulación del segundo y tercer viaje colombino. Con su hermano Pedro Alonso viajó a Paria. Entre sus hijos cabe destacar a Andrés Niño, el cual capituló en 1518 con el Emperador para ir al descubrimiento de la Mar del Sur. Desde 1514 ostentó el cargo de piloto real.