Juan Manuel Vargas es un futbolista peruano. Juega de interior izquierdo y su actual equipo es el Genoa C. F. C. de la Serie A de Italia. Se formó en las divisiones menores del Club Universitario de Deportes, con el que debutó en la Primera División del Perú durante la temporada 2002, en la que obtuvieron el título del Torneo Apertura. A mediados de 2005, fue cedido al Club Atlético Colón de la Primera División de Argentina.