Juan III Comneno (c. 1321 1362) fue emperador de Trebisonda desde el 4 de septiembre 1342 hasta el 3 de mayo de 1344. Fue hijo del emperador Miguel de Trebisonda (que había reinado por un día en 1341) y Acropolitissa, hija de Constantino Acropolites. El 4 de septiembre de 1342 Juan III derrocó Ana Anachoutlou (1341- 1342) y ascendió al trono, con el apoyo de la familia Escolarios. En mayo de 1344 fue derrocado por su padre Miguel de Trebisonda (1344-1349).