Las islas San Benito se encuentran en el océano Pacífico frente a la costa oeste del estado mexicano de Baja California, a 25 km al oeste de la Isla de Cedros, específicamente en las coordenadas geográficas 2818′12″N 11535′24″O / 28.30333, -115.59Coordenadas: 2818′12″N 11535′24″O / 28.30333, -115.59. Ellas son parte de la Delegación Isla de Cedros, una subdivisión del municipio de Ensenada, en el estado de Baja California.