Hyphochytridiomycota es un pequeño grupo de protistas de tipo fungoide del que se conocen unas 16 especies. Sus zoosporas se distinguen por presentar un flagelo anterior con forma de guirnalda. También tienen un sistema vegetativo de tipo hifa o rizodial (de aquí el prefijo hypho). Antiguamente, las clases Hyphochytridiomycetes, Oomycetes y Chytridiomycota se agrupaban en el taxón obsoleto Mastigomycotina como hongos con gametos o esporas flageladas.