En genética humana, el haplogrupo E es un haplogrupo del cromosoma Y humano formado a partir de muchos haplotipos, el más conocido de los cuales es M96 y al igual que el haplogrupo D, desciende de DE. Este haplogrupo es el más característico de toda África y se encuentra también, aunque en menor proporción, en el Cercano Oriente y en Europa, especialmente en el área del Mediterráneo.