Gregorio de Cetina era hermano del poeta Gutierre de Cetina y del fundador de Mérida Beltrán de Zetina y de María Andrea del Castillo (quien fue esposa del conquistador y encomendador Francisco de Montejo y León "el Mozo"). Su padre, Beltrán de Cetina y Alcocer, originalmente de Alcalá de Henares, siendo muy joven se va a vivir a Sevilla, donde conoce a Francisca del Castillo y Zanabria, lugareña, y (a juzgar por el apellido) de origen morisco. El casamiento se celebra en 1518 en Sevilla.