No se debe confundir con su contemporáneo Francisco Antonio de Alarcón, consejero de Castilla y de Hacienda. Francisco de Alarcón y Covarrubias fue un eclesiástico español, maestrescuela y canónigo de la catedral de Cuenca gracias a su tío Sebastián de Covarrubias, inquisidor de Barcelona y de Valencia, y obispo sucesivamente de Ciudad Rodrigo, de Salamanca, de Pamplona y de Córdoba.