El farmacóforo fue primero definido por Paul Ehrlich en 1909 como "una unidad central molecular que transporta (phoros) los rasgos esenciales responsables para la actividad biológica" de una droga . En 1977, esta definición fue actualizada por Peter Gund a "un conjunto de rasgos estructurales en una molécula que es reconocida en un sitio receptor y es responsable para la actividad biológica de esa molécula" .