Con sede en la ciudad del mismo nombre, la Diócesis de San Juan de los Lagos (Dioecesis Sancti Ioannis a Lacubus), está situada en Jalisco, México y tiene como parroquia sede la Basílica de Nuestra Señora de San Juan de los Lagos. Esta basílica es uno de los santuarios más célebres del país. Otras parroquias de interés son el Santo Toribio Romo(Santa Anna de Guadalupe,Jalostotitlan) y el Santuario del Señor de la Misericordia (Tepatitlan de Morelos).