La coenzima M es un anión con fórmula molecular HSCH2CH2SO3. Recibe el nombre de 2-mercaptoetanosulfonato y se abrevia HS-CoM. La forma catiónica carece de importancia, pero la sal sódica está disponible la mayoría de las veces. El mercaptoetanosulfonato contiene un grupo tiol y un grupo sulfonato, siendo el grupo tiol el sitio principal de la reacción y el grupo sulfonato, el que confiere la solubilidad en medio acuoso.
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