Para la Copa Mundial de Fútbol de 2006, la CAF tuvo un total de 5 cupos directos para este torneo del total de 32 seleccionados que participaron en Alemania. De los 51 equipos de la CAF afiliados a la FIFA, sólo Comores y Yibuti declinaron participar. También sirvió como clasificación para la Copa Africana de Naciones de 2006, celebrada en Egipto. El proceso estuvo compuesto por dos etapas.