Una bomba de protones son complejos enzimáticos integrales de membrana que es capaz de movilizar protones a través de la membrana de una célula, de la mitocondria o de cualquier otro compartimento subcelular. En la respiración celular, las bombas de protones, localizadas en la membrana interna de la mitocondria, secuestran protones de la matriz mitocondrial y los transloca al espacio intermembrana.
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