La bandera de la Confederación Perú-Boliviana se conformaba de un fondo rojo o punzó encarnado sobre el cual se mostraba los escudos de las Repúblicas conformantes rodeados de una corona cívica. De derecha a izquierda los escudos eran: el de la República de Bolivia, el del Estado Sud-Peruano y el del Estado Nor-Peruano (el mismo de la anterior República del Perú). La bandera de la Confederación será de color punzó por ser común a las tres repúblicas.