En fisiología microbiana, se dice que un microorganismo es auxótrofo cuando sólo es capaz de proliferar en un medio de cultivo si a éste se ha añadido alguna sustancia específica, que el tipo silvestre, llamado protótrofo, no requiere, porque es capaz de sintetizarla. Típicamente, la genética subyacente a una auxotrofia es la carencia de una ruta metabólica funcional que genere la sustancia de la que depende el auxótrofo.
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