El arroyo Cuñapirú es un curso de agua uruguayo que atraviesa el departamento de Rivera perteneciente a la cuenca hidrográfica del Río Uruguay. Nace en la cuchilla Negra, cerca del límite con Brasil y desemboca en el río Tacuarembó tras recorrer alrededor de 59 km. Sus principales afluentes son el Arroyo Corrales, el Arroyo Mangueras y el Arroyo de los Médanos.