Una apolipoproteína es una heteroproteína anfipática con un grupo prostético lipídico, que se encuentra formando parte de las lipoproteínas. El prefijo apo- de la palabra apolipoproteína se debe a que es la parte fundamental y proteica de las lipoproteínas, pero no se debe confundir la apolipoproteína con la apoproteína de la misma, que es la parte proteica de ésta.
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