El análisis DNA footprint detecta interacciones DNA-proteína y está basado en el principio de que, si una proteína se une a una determinada secuencia de ADN, este fragmento es protegido de cortes enzimáticos. El tratamiento enzimático se realiza mediante la enzima desoxirribonucleasa o DNAasa, y el resultado de la digestión se corre en un gel de electroforesis, lo que detecta regiones de ADN hipersensibles y protegidas.
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