La Alianza Estratégica fue creada en marzo de 2002 en Lima, Perú como una asociación civil. Inicialmente estaba conformada por las tres principales universidades públicas del país: la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM), la Universidad Nacional de Ingeniería (UNI) y la Universidad Nacional Agraria La Molina (UNALM). En el 2010 se incorporó la Universidad Nacional del Callao (UNAC) como cuarto miembro principal.